PIIISA 2015 en los medios

Diario La Opinión de Málaga, 27 de mayo de 2015

 
Hola a todos:

Todos los años, en distintos medios, escritos (periódicos), radio y televisión (andaluza y local) se da cuenta de la investigación PIIISA. Pero, accediendo a la noticia es cuando uno se da cuenta de que el lenguaje de los medios no siempre refleja todo lo que hemos llevado a cabo. El tiempo y la brevedad son siempre un factor a tener en cuenta.

Os recomiendo que escuchéis el "fantástico" resumen de 17 segundos sobre el proyecto que hizo Elena y que se emitió en TG7 el pasado miércoles 20 de mayo por la noche.

Nuestro proyecto casi se intuye, pero desde luego parece difícil de entender, pero qué merito, ¿no?

Y es que explicar el proyecto a un periodista tiene siempre esa dificultad. Entre lo que se dice, que el tiempo es muy corto y lo que terminan finalmente emitiendo puede haber importantes diferencias. Hay que entender que el lenguaje de los medios a veces no tiene nada que ver con el lenguaje "científico",  ¿no os parece?

De cualquier forma, menos mal que hemos seguido el blog y sabemos de qué va el proyecto.

Un buen aplauso para Elena, al menos la gente conoce algo de alguno de los proyectos PIIISA de este año.

Francisco Martínez-Abarca
Departamento de Microbiología
Estación Experimental del Zaidín - CSIC
Granada

En dos palabras, Im Presionante...

¿Por qué los proyectos PIIISA tienen siempre la capacidad de sorprender?

Sí señores, me he quedado... nos hemos quedado... con la boca abierta. Pero no solo nosotros, sino cualquiera de los que tuvimos la oportunidad y la suerte de estar en la Facultad de Ciencias de la Educación de la Universidad de Málaga el jueves 21 de mayo de 2015.

¡¡¡Fecha para enmarcar!!!
Fue una jornada increíble, y creedme, lo digo muy en serio. He estado en varios congresos y sé lo que me digo. Realmente para quitarse el sombrero. Ni aunque pasen 100 años podremos olvidar una jornada así.

Pero, ¿qué pasó?

Profesores de Investigación, de Universidad, rectores, simpatizantes, padres. abuelos, y por supuesto los investigadores y coordinadores participantes no dábamos crédito a lo que estábamos escuchando.

El 70% de lo que se expuso fue en el idioma universal de la ciencia y de tantas cosas, el inglés. Como fueron las respuestas, el dominio, los nervios, la sinceridad y honestidad de los trabajos. ¡Exposiciones del más alto nivel! Como bien diría Javier Cáceres (el impulsor de este proyecto), respirando PIIISA por todos lados.

¡Qué suerte hemos tenido en participar en el PIIISA 2015! ¡Qué suerte hemos tenido en poder ir a Málaga! ¡Qué suerte hemos tenido en que Javier Cáceres haya organizado un congreso así!

Podemos sentirnos extraordinariamente orgullosos de lo que hemos hemos hecho, pero sobre todo, de cómo lo hemos hecho.

¡¡¡Hip, Hip, Hurra!!!

Francisco Martínez-Abarca

Departamento de Microbiología

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Granada

Nuevos Congresos PIIISA

Hola a todos:

La semana que viene tendremos el congreso final PIIISA Granada (día 20) así como el congreso PIIISA Andalucía del día 21 en Málaga.

Ambos días, con sus parecidos y/o diferencias, serán toda una fiesta de la investigación del programa PIIISA (los programas se adjuntan en recursos o aquí: Granada, Málaga). Uno a nivel de toda Granada y otro a nivel de toda Andalucía (sic). Estaremos en ambos congresos; en el de Granada con la presentación de nuestro póster y en Málaga con el póster y la presentación oral.

Pero lo más difícil, insisto, ya ha pasado y con buena nota. Ahora solo queda disfrutar y "engrandecer" aún más nuestro proyecto, y me consta que lo estamos haciendo.

¿Cómo?

Unido a estos congresos PIIISA existen "otros congresos PIIISA" que no son otros que lo que ocurre en los centros de secundaria cuando los distintos proyectos se presentan a compañeros de instituto. Como ha hecho Clara recientemente en su instituto (IES Cervantes) y como les tocará a Víctor y a Antonio en el Virgen de Gracia en breve.

Y es que este año 2014-2015 no será un año cualquiera.

¡¡¡Aupa 2A team!!!

Francisco Martínez-Abarca
Departamento de Microbiología
Estación Experimental del Zaidín CSIC
Granada

El Primer Congreso PIIISA-CSIC

Hola a todos:

Lo de ayer fue mucho mejor que la "primera comunión". ¡¡¡Vamos!!! Muchísimo mejor. Ya conocéis en qué consiste un Congreso de Investigación.

En esta 4ª edición (PIIISA-EEZ) se notan los galones, las tablas y el saber hacer de muchos de los proyectos. Y como todo en ciencia, con independencia de las vicisitudes que haya tenido cada proyecto, es en la exposición donde uno "descubre" todo lo que se ha hecho y todo lo que se ha sido capaz de hacer. Es en esa comparación con los otros proyectos donde nos damos cuenta de lo realizado y de lo afortunados que hemos sido en participar en este PIIISA 2015.

Y... ¿qué decir de nuestra exposción?:

- ¡Un aprobado!

- ¿Un aprobado? ¡Ja! ¡Un Sobresaliente!

- Pero...

-¡¡¡No hay peros!!! Estuvo muy bien; lo que no quita que pueda estar mucho mejor.

-¿Mejor? ¿Cuándo?

Cuando lo expliquéis a vuestra clase, en vuestros centros, a vuestros amigos y, por supuesto, en el próximo(s) Congreso(s) PIIISA, entre ellos el primer congreso PIIISA-Andalucía el 21 de mayo en Málaga.

¡Señores!¡Nos hemos hecho mayores!

Ya tenemos nuestra primera publicación científica.

Y salvo una pequeña diferencia de edad, nos podemos considerar colegas de laboratorio.

¡¡¡Aupa 2a Team!!!

Francisco Martínez-Abarca

Departamento de Microbiología.

Estación Experimental del Zaidín. CSIC.

Granada

Ante el congreso PIIISA - EEZ

Hola a todos:

Ayer nos dimos cuenta de cómo va a ser el acto del próximo martes 5 de mayo. En vuestras caras se pudo apreciar el cambio de cuando llegasteis a la sesión (caras de preocupación) a cuando nos fuimos (ya más sonrisas, hasta hubo algún aplauso). Y es que contar los resultados en un congreso no deja de ser algo así como una Puesta en escena. La intención de toda ponencia siempre debe ser que la audiencia se fije en lo qué contamos y no en cómo lo contamos. Para ello es imprescindible que nos despreocupemos del escenario. Y... ¡qué mejor entrenamiento que hacerlo en el propio escenario! Como hicimos ayer.

Ya sólo queda aprenderse el guión, la partitura, las imágenes, etc. Y practicar un poco. Y sobre todo debemos tener un convencimiento: nadie en la sala conocerá mejor lo que hemos llevado a cabo que nosotros mismos, ¿no os parece?...

Bueno, aunque el orden de ponentes será el que propusimos, todos deberíamos de ser capaces de exponer el trabajo completo. Nunca se sabe.

Y como siempre,

¡¡¡Aupa 2a Team!!!

Francisco Martínez-Abarca

Departamento de Microbiología

Estación Experimental del Zaidín. CSIC

Granada

Ya tenemos título: "Variations in the spontaneous mutation rate in a soil bacteria. Effect of gene location"

Hola a todos:

El final de trabajo se adivina; ¡lo tenemos al alcance de la mano!

Tras unos cuantos botones de calculadora, hemos podido determinar nuestras frecuencias de mutación para el gen SacB en los distintos aislados (distintas localizaciones):

3G: localizado a 11.764 nt del Origen de Replicación (ORI).

1F: localizado a  696.599 nt del ORI.

1H: cerca de regiones Ter, a 1.858.431 nt del ORI.

Como habéis visto esta mañana, de los datos podemos calcular la "mutation rate" (μ) para Sinorhizobium meliloti.   

Ref: Drake, 1991.

Donde "f" ese la frecuencia de mutación encontrada y "N" es el número total de bacterias que dieron esa frecuencia. μ se calcula de forma iterativa (5 veces) dándole inicialmente el valor de f/5.

Tarea: calculad el valor de μ para cada aislado (localización). ¡El valor que nos de servirá para definir los márgenes de nuestro dato final el próximo viernes!

Nueva cita: Viernes a las 16:30.

Os dejo en recursos el trabajo de Drake (1991), por si os animáis a echarle un vistazo.

Aupa 2a Team!!!

¡¡¡Nos queda la guinda de un proyecto increíble!!!

Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Departamento de Microbiología.

A trabajar anticipadamente

Hola a todos:

Una nueva sesión nos espera. Me gustaría que le echaseis un vistazo a la publicación PIIISA del año pasado (está en recursos o pulsad aquí).

El próximo lunes debemos ser capaces de orientar, estructurar, nuestro trabajo de forma parecida... (Fijaros en los comentarios del my own ideas de vuestros compañeros del años pasado; ¡ellos fueron capaces!).

Como primer ejercicio para la escritura me gustaría que calculásemos en base a la tabla anterior la frecuencia de mutantes (F) en cada experimento (de manera individual); os recuerdo tenemos:

- 2 experimentos (datos) para 3G.

- 3 experimentos (datos) para 1F.

- 3 experimentos (datos) para 1H.

Si os animais, poned los resultados en comentaros en el propio  blog.

En esos números se centran nuestras conclusiones que apuntarán el posible título y resumen de nuestro trabajo. ¡EN INGLÉS!.

Como veis, el final se empieza a entrever...

GOOD JOB!!!

Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Departamento de Microbiología

Una tabla que resume nuestro trabajo

Hola a todos:

Tabla 1

Esta tabla resume todo lo que llevamos hecho hasta ahora (o sea, casi tres meses de DURO trabajo). A continuación mostramos ejemplos de algunas de las placas:

Placa de la dilución -5: resistentes a Km

Placa de la dilución -1: resistentes a Km/Sac (mutantes).

Y parece que fue ayer cuando comenzamos; y cómo podéis intuir, la labor experimental llega a su fin.

Sesión de trabajo del pasado jueves 5 de marzo.

Ahora viene la parte más complicada que es extraer el resultado de todos estos números y definir con la suficiente precisión nuestra famosa pregunta: "Dónde mutan (más) los genes de Sinorhizobium meliloti" o lo que es lo mismo: ¿Podremos definir The mutation rate for S. meliloti bacteria?

Aupa 2a team !!! (El final ya está más cerca...).

Dr Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín - CSIC
Department of Microbiology

Va tocando ponerse "serios"

Hola a todos:

Como sabéis, el próximo jueves tenemos una nueva sesión clave de nuestro proyecto. La dedicaremos a "contar" colonias. Pero... ¿nuestro proyecto es sólo contar?

Echadle un vistazo general a este trabajo (revisión sobre las velocidades de mutación de distintos genomas [1]).

No pretendo que lo entendáis, pero sí que comencéis a intuir hacia dónde vamos... Nuestros cálculos deben de precisar lo que dice este trabajo, pero en nuestra bacteria "favorita": Sinorhizobium meliloti.

Como no podía ser de otro modo, la próxima sesión, el jueves 5 de marzo a las 16:30 volverá a ser clave en nuestro proyecto.

¡¡¡Esta vez debemos estar todos!!!

Aupa 2a team!!!

[1]Drake JW, Charlesworth B, Charlesworth D, Crow JF(1998)  Rates of spontaneous mutation.Genetics.148(4):1667-86.

Dr Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology

Las enseñanzas de errar

Hola a todos:

¡Vaya con la última jornada!

Como pudisteis comprobar, todo estuvo bien planificado: los cultivos, las placas, los extendidos...  Nada menos que 36 placas en tres horas. Pero, como no podía ser de otra forma, surgieron los conocidos como imponderables (leyes de Murphy...).

i. Imponderable nº 1. El primero, los cultivos no llegaron a nuestro ansiado 0,5. Pero tras pensar un poco, lo pudimos resolver.

ii. Imponderable nº2. Después todo tenía que estar bien organizado y bien rotulado, y a pesar de ello, nos equivocamos en la rotulación. Esto implicaba errar sobre las placas de sacaras y las de Km. Equivocación grave que pudimos corregir. Y por último,

iii. Imponderable nº 3. En los plaqueos hubo también algunos errores (volúmenes, diluciones...) que afortunadamente pudimos también detectar y corregir.

Aquí tenemos un resumen de la asignación numérica e identificación de los grupos de placas. Os recuerdo que cada cultivo dio lugar a 4 placas. Las diluciones 0 y -1 para las de Sac y las diluciones -5 y -6 para las de Km.

(i) Placas 1: 3G; Placas 3: 3G; Placas 4: 3G.

(ii) Placas 5: 1F; Placas 6: 1F; Placas 7:1F.

(iii) Placas 9: 1H; Placas 10: 1H; Placas 11: 1H.

No hay nada como equivocarse para comprender lo que estamos haciendo ¿Verdad?

Ya nos estamos dando cuenta de realizar los experimentos casi perfectos... Si esperamos una respuesta de ellos, la respuesta que siempre debemos evitar es la de tener que repetirlo. 

Nos queda una espera ansiosa en la que nos dé el pistoletazo de salida, las placas de casa de Laura. Las bacterias ya están a 28ºC ¡o eso creo!

La próxima sesión es el jueves 5 de marzo. Ese día analizaremos los resultados de estos crecimientos. ¿Podremos aguantar?

¡Esta vez debemos estar todos!

¡¡¡Aupa 2º team!!!

Dr Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology

Consecuencias del "brain storming"

Hola a todos; respiremos tras la última sesión... Uffff.

Cuando creíamos que quedaba poco para resolver nuestra famosa pregunta ¿Dónde mutan (más) los genes?, vemos que estamos casi como al principio, ¿o no?

Recapitulemos:

Hemos comprendido que la resistencia a sacarosa viene, o debe venir, de una mutación en el gen SacB. Como todo el mundo sabe, el producto de este gen se corresponde con una proteína de 50 kilodalton de Bacilus subtilis que codifica para una actividad: levansucrase (sucrose:2,6-P-D-fructan 6-3-D-fructosyltransferase; EC 2.4.1.10) [1]. Echad un vistazo a esta referencia, en concreto a lo señalado en amarillo. Y hemos observado, con nuestros propios ojos dos tipos de colonias en las placas de sacarosa (grandes y/o chicas). En ambas, el gen sacB debe estar mutado pues son resistentes a sacarosa. El problema es que las frecuencias de mutación cambian dependiendo de qué colonias consideremos.. ¿?.

Por lo tanto, hemos comprendido que para cuantificar bien la frecuencia de mutantes debemos de partir de cultivos (3G, 1F y 1H) en el mismo estado "mutagenizado", o sea que en el momento de la inoculación al cultivo líquido el 100% de las colonias sean SacS. Que es lo que hemos hecho al final de esta mañana.

El próximo jueves 26 de febrero a las 16:00 nos toca la tarea experimental de demostrar que lo hemos hecho adecuadamente.

Nuestro resultado debería ser definitivo, o lo que es lo mismo, debe de ser lo suficientemente claro para llegar a una conclusión: ¿dónde mutan más los genes? Arriba, abajo, en medio o en todas partes por igual....

[1] Gay p, Le Coq D, Steinmetz M, Berkelman T, Kado CI. (1985). Positive selection procedure for entrapment of insertion sequence elements in gram-negative bacteria. J Bacteriol. 164:918-921.

Aupa 2a team !!! Cualquier duda soy todo oídos (debe de haberlas !!!).

Dr. Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Departament of Microbiology

El “curioso” fenotipo Sacarosa-R

Hola a todos:

En breve, el próximo lunes 23, tendremos una nueva sesión de nuestro proyecto. Os recomiendo que le echemos un vistazo amplio y "profundo" a lo realizado hasta ahora (mirad tanto el blog como en vuestras anotaciones).

Como sabéis (sabemos), el proyecto pretende determinar la frecuencia en la aparición de mutantes resistentes a la sacarosa de distintos aislados de la bacteria Sinorhizobium meliloti. Pero... ¿qué debemos de considerar como resistente a la sacarosa?

En la foto de una de las placas crecidas en Laura's Incubator podéis observar a o que me refiero. Se corresponde con una de las placas donde solo debían aflorar las colonias SacR.

Sin embargo, se pueden observar a grandes rasgos dos tipos: unas colonias de entre 0,5-1 mm de diámetro (grandes) y otras menores de 0,2 mm. ¿Cuáles son resistentes reales a sacarosa, o sea, SacR phenotype? ¿Solo las grandes o ambas?

Como véis, el criterio a elegir es clave a la hora de establecer una frecuencia y por tanto es clave a la hora de estimar el resultado.

Analizaremos la Numerología obtenida hasta ahora y comenzaremos un ensayo de "drop" que nos ayude a discernir las distintas opciones. ¡¡¡Mirad las entradas y correos previos!!!

Se me antoja que nuestra próxima sesión va a ser clave en nuestro proyecto. Os quiero con la mente despierta.

Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín. CSIC.
Departamento de Microbiología
Granada

Nuevos experimentos confirmatorios

Hoy hemos descubierto que Laura tiene una verdadera estufa profesional en casa. Las placas deben estar a 28-30º ¡Seguro!

¡Vaya fotos! ¡Y vaya crecimiento! A los cinco días ya estaban así. Nos va a venir bien tener esta nueva estufa, como no podía ser de otra forma.

Placa en casa de Laura

 

Placa en casa de Clara. El resto de las placas estaban parecidas

En lo que respecta a nuestro proyecto, ya nos vamos acercando a las preguntas concretas. Y en breve deberemos ya empezar con la escritura del trabajo. Sin prisa, pero sin pausa...

Como sabéis, en este nuevo experimento, aparte de repetir si la aparición de resistentes a sacarosa es menor en 3G que en 1H hemos incluido una nueva bacteria, la 1F, que como os comenté en esta sesión debería al menos da una frecuencia intermedia entre las otras dos.

Toca pensar un poco el porqué de esta suposición...

¿Seremos capaces de confirmar este resultado?

Os recuerdo. Hemos hecho duplos de cada pregunta (1F, 3G y 1H). Uno de los duplos se los llevó Laura a su casa (¡que tendrá que hacernos fotos para todos, ya que tiene la mejor estufa y parece ser que una cámara muy buena!). Los otros, como siempre y como medida de seguridad se han quedado en el laboratorio a 28ºC estándar.

La semana que viene nos toca contar colonias. Pero... ya sabemos que este proyecto no es solo contar colonias ¿o sí?

Francisco Martínez-Abarca

Departamento de Microbiología

Estación Experimental del Zaidín. CSIC

Granada

Nuestro primer resultado a la pregunta ¿dónde mutan (más) los genes?

En nuestra tercera sesión hemos empezado a descubrir que no estamos "simplemente" contando colonias, ¿verdad?

Empezamos a observar que los distintos fenotipos mostrados por las distintas bacterias (1H, 3G y la original RMO17) no son idénticos y que parecen tener una explicación. Empezamos a entender cómo se hacen los experimentos en Microbiología y qué tipo de respuestas dan. Por ejemplo: tiempos de generación, división celular, diluciones, conteos varios y test de sensibilidad/resistencia.

Por ahora, ya tenemos un primer resultado que deberemos de corroborar experimentalmente. Debemos pensar en repetir el experimento, añadir nuevos controles y comprobar si se confirma el patrón.

Pero... ¿de qué resultado estamos hablando?

En este esquema tenéis el procedimiento llevado a cabo para las diluciones seriadas.

De esta manera obtuvimos los siguientes datos para cada cultivo, os recuerdo.

Cultivo 3G: donde el gen SacB se encuentra arriba (cerca del origen de replicación).

Cultivo 1 H: donde el gen SacB se encuentra abajo (lejos del origen de replicación).

Estos datos nos llevan "de momento" a inferir la siguiente frecuencia de mutación para cada aislado:

Fmut3G: 96.3/(18.6 10⁷) = 5,177 10^-7

Fmut1H: 69.3/(7.85 10⁶) = 8,88 10^-6

Sin embargo hay varias razones que me inducen a pensar que debemos de confirmarlo:

1. Necesitamos inferir márgenes de error. Todo experimento se recomienda repetirlo al menos 3 veces…
2. Debemos de confirmar que los fenotipos son reales (cosa que ya estamos haciendo o no?)
3. Hay además un resultado “extraño”. ¿Quien lo comenta?? ¡¡¡ES IMPORTANTE!!!

¡¡¡Aupa 2A Team!!!   ¡¡¡Ya estamos en la senda correcta!!!!

 

Francisco Martínez-Abarca

Departamento de Microbiología.

Estación Experimental del Zaidín. CSIC.

Granada

Una noticia interesante

Hola a todos y feliz año.

El mundo de la investigación está unido y debe estar alerta ante nuevas noticias. Os propongo que leáis esta noticia publicada por El País y estudieis los paralelismos de lo que comenta con lo que estamos estudiando nosotros.
http://elpais.com/elpais/2014/12/31/ciencia/1420046780_149337.html

¿Realmente los hay? ¿En base a qué?

Cada vez que una célula se divide para generar otra, su ADN se copia y en este proceso suceden erratas que, acumuladas, explican gran parte de los tumores. ¿Podríamos extrapolar parte de nuestros resultados sobre estos estudios? Pensémoslo; siempre es importante comprender la posible relevancia de nuestros resultados.

Francisco Martínez-Abarca

Departamento de Microbiología

Estación Experimental del Zaidín

Granada