Nuestros primeros resultados

Hola a todos;

Tras la segunda sesión ya quedan atrás las primeras fantásticas impresiones... ¿o no? Sin embargo, ya empezamos a tener nuestros primeros resultados. Tras el conteo de colonias y la puesta en común de los datos observamos que ya podemos dar un valor a las bacterias presentes en una colonia. En caso de duda podéis consultar los correos anteriores.

Recapitulemos:

En vuestras libretas, tras el último día, debéis tener una tabla del conteo de las colonias de las placas semejante a esta que se incluye a continuación. Igualmente podéis acceder a imágenes de las placas a través de este enlace.

Esto nos ha permitido extrapolar los número de colonias contadas de manera que podamos estimar la cantidad de bacterias presentes en cada colonia como una media de, en algún caso, 4 valores.

Valores finales:

B:   14.7 x 10⁶

A: 20,96 x 10⁶

C: 6.015 x 10⁶

D: 0.831 x 10⁶

En otra ocasión hablaremos de los margenes de error y las desviaciones stándard. Entre vosotros ya hay gente familiarizada con estos parámetros estadísticos…
Debemos de recordar las operaciones que hicimos para obtener estos números. De nuevo, tenemos que calcular el número de generaciones que han transcurrido para la formación de cada una de las colonias; es decir,  ¿cuál es el numero de generaciones que han transcurrido para la colonia más grande y para la colonia más pequeña? Veréis como son bastante parecidos.
Y de estos valores surgen nuevas preguntas: ¿En cuántas generaciones ocuparían estas bacterias un volumen como el de la Tierra? ¿En cuánto tiempo? ¿Podríamos calcular de manera muy aproximada qué valor podríamos dar al volumen que ocupa una bacteria? ¿Ysu diámetro?

Premisas: Si imaginamos que cada colonia se corresponde con la mitad de una esfera cuyo diámetro en milímetros es el que aporta la tabla...¿En qué márgenes nos movemos en el calculo? Animémosnos, consultémoslo con nuestro entorno.Yo tan solo sé el valor que dicen los libros aceca del tamaño de S. meliloti, pero nunca he hecho este cálculo. En cualquier caso, soy todo oídos a posibles dudas o aclaraciones.

Por otro lado, nos esperan los resultados de un nuevo experimento (sobre el 9 de Enero o así). Hemos plaqueado dos cultivos (3G y 1H) partiendo de 1 x 10⁸ bacterias por mililitro sobre placas conteniendo el antibiótico kanamicina (Km) y placas conteniendo Km y sacarosa al 10%. Las diluciones han sido distintas pues esperamos obtener un mayor numero de colonias totales (resistente a Km) que mutantes (resistentes a sacarosa). En paralelo hemos puesto placas con la bacteria parental (RMO17).
Pregunta: ¿Qué esperamos ver en las placas con sacarosa en relación a esta bacteria control? O en otras palabras, ¿esta bacteria será sensible o resistente a sacarosa? (Podéis encontrar algunas pistas en la presentacion del primer dia).

Y ya para terminar, Tanto Clara (no trajo sus placas) como Mario (no pudo venir) deben observar por una semana más las placas en casa y si se aprecian colonias como las que se ven en las imágenes de recursos del blog, deben de contarlas en las placas (-4 y -3) y darnos el dato al resto.

Atentos al wassap, el correo y el Blog (en este orden o en el inverso).

Un saludo y Feliz Navidad.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada. Spain

Tras la primera cita

Bueno. Ya conocemos todos los entresijos del proyecto y, lo que es más importante, hemos puesto cara a nuestros nombres y a nuestros correos. Ya nos conocemos algo más.

Ya visteis que, con independencia de lo que vayamos a experimentar y lo "sencillos" que puedan ser los experimentos, hay muchas preguntas detrás de ellos. Cuando se planifica un experimento, uno debe tener planteado a priori, anticipadamente, el resultado que va a salir o, mejor dicho, los resultados que se pueden obtener. De esa manera uno debe entender lo que puede estar pasando. 

Por ejemplo; en el resultado del conteo de colonias que esperamos para los próximos días hay resultados que deben de salir, sí o sí.: La relación entre las tres placas debe de ser exponencial y por supuesto en el orden en el que las hemos “sembrado”. Esto es en -2, debe de haber 10 veces más colonias que en -3 y en ésta 10 veces más que en -4. Pero … ¿y si no es así? ¿Dónde está el fallo?  ¿Qué hacemos entonces? ¿Cuál es el valor que damos al número final de bacterias en la colonia? Sin ánimo de que se os quite el duro discurrir del curso, exámenes, etc., son preguntas que debemos ir pensando.

¡¡¡Señores!!!: Esto es el PIIISA. Esto es investigar: hacerse preguntas que te lleven a nuevas preguntas. Porque eso es una respuesta científica, algo que lleva a nuevas preguntas. 

No os olvideis de escribir media cara de un folio (o bien una cara) sobre:

"Mi primer día en la EEZ-CSIC. Mi primer contacto."

 Un saludo.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada. Spain

Bienvenida

Estimados jóvenes, padres y madres, coordinadores y profesores;

En primer lugar, darles la bienvenida al proyecto PIIISA 2014-2015 titulado "¿Dónde mutan los genes? que se desarrollará en la Estación Experimental del Zaidín - Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Este es el cuarto proyecto PIIISA que desarrollo como investigador, y como no podía ser de otro modo, un nuevo proyecto en el que se van plantear nuevos desafíos. Todo va a girar en torno a una pregunta: la velocidad de mutación de los genes... ¿depende en parte de su localización en el genoma?

Se trata de una pregunta real, para la que aún no tenemos respuestas y cuyo resultado es desconocido aún para mi. En un principio, la respuesta puede ser: si, no, o sí pero parcialmente. Este es justamente el objetivo principal de nuestro proyecto, darle una solución.

Todos nuestros avances y resultados los iremos plasmando en este blog en el cual también tendremos recursos, enlaces, en una palabra, todo aquello que nos permita llegar a buen fin; todo aquello que nos permita hacer de este proyecto una experiencia de la que nos sintamos muy orgullosos y de la que hagamos partícipes a todo nuestro entorno: nuestros padres, nuestros compañeros de clase, profesores, amigos... Esta forma de dar a conocer nuestros resultados no es nueva; ejemplo de ello lo tenéis en los blog de los proyectos anteriores, que podéis visitar en estos enlaces Descubriendo nuevas especies a través de la bioinformática y ¿Cómo mutan los genes?

En la sección de recursos se encuentran los artículos correspondientes a los trabajos realizados en las ediciones precedentes. En ellos se puede comprobar como nuestros proyectos anteriores han sido todos factibles y llevados a buen puerto, como así ha de ser en este nuevo.

Y ya nada más que pedir vuestra colaboración también en este, nuestro blog. Pero no solo con vuestras aportaciones, sino con las de todos aquellos a los que podamos hacer partícipes de nuestras investigaciones. Seguro que ellos también pueden hacer sus aportaciones.

Y por ahora nada más. Ánimo, entre todos vamos a hacer un gran proyecto.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain