Ya tenemos título: "Variations in the spontaneous mutation rate in a soil bacteria. Effect of gene location"

Hola a todos:

El final de trabajo se adivina; ¡lo tenemos al alcance de la mano!

Tras unos cuantos botones de calculadora, hemos podido determinar nuestras frecuencias de mutación para el gen SacB en los distintos aislados (distintas localizaciones):

3G: localizado a 11.764 nt del Origen de Replicación (ORI).

1F: localizado a  696.599 nt del ORI.

1H: cerca de regiones Ter, a 1.858.431 nt del ORI.

Como habéis visto esta mañana, de los datos podemos calcular la "mutation rate" (μ) para Sinorhizobium meliloti.   

Ref: Drake, 1991.

Donde "f" ese la frecuencia de mutación encontrada y "N" es el número total de bacterias que dieron esa frecuencia. μ se calcula de forma iterativa (5 veces) dándole inicialmente el valor de f/5.

Tarea: calculad el valor de μ para cada aislado (localización). ¡El valor que nos de servirá para definir los márgenes de nuestro dato final el próximo viernes!

Nueva cita: Viernes a las 16:30.

Os dejo en recursos el trabajo de Drake (1991), por si os animáis a echarle un vistazo.

Aupa 2a Team!!!

¡¡¡Nos queda la guinda de un proyecto increíble!!!

Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Departamento de Microbiología.

A trabajar anticipadamente

Hola a todos:

Una nueva sesión nos espera. Me gustaría que le echaseis un vistazo a la publicación PIIISA del año pasado (está en recursos o pulsad aquí).

El próximo lunes debemos ser capaces de orientar, estructurar, nuestro trabajo de forma parecida... (Fijaros en los comentarios del my own ideas de vuestros compañeros del años pasado; ¡ellos fueron capaces!).

Como primer ejercicio para la escritura me gustaría que calculásemos en base a la tabla anterior la frecuencia de mutantes (F) en cada experimento (de manera individual); os recuerdo tenemos:

- 2 experimentos (datos) para 3G.

- 3 experimentos (datos) para 1F.

- 3 experimentos (datos) para 1H.

Si os animais, poned los resultados en comentaros en el propio  blog.

En esos números se centran nuestras conclusiones que apuntarán el posible título y resumen de nuestro trabajo. ¡EN INGLÉS!.

Como veis, el final se empieza a entrever...

GOOD JOB!!!

Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Departamento de Microbiología

Una tabla que resume nuestro trabajo

Hola a todos:

Tabla 1

Esta tabla resume todo lo que llevamos hecho hasta ahora (o sea, casi tres meses de DURO trabajo). A continuación mostramos ejemplos de algunas de las placas:

Placa de la dilución -5: resistentes a Km

Placa de la dilución -1: resistentes a Km/Sac (mutantes).

Y parece que fue ayer cuando comenzamos; y cómo podéis intuir, la labor experimental llega a su fin.

Sesión de trabajo del pasado jueves 5 de marzo.

Ahora viene la parte más complicada que es extraer el resultado de todos estos números y definir con la suficiente precisión nuestra famosa pregunta: "Dónde mutan (más) los genes de Sinorhizobium meliloti" o lo que es lo mismo: ¿Podremos definir The mutation rate for S. meliloti bacteria?

Aupa 2a team !!! (El final ya está más cerca...).

Dr Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín - CSIC
Department of Microbiology

Va tocando ponerse "serios"

Hola a todos:

Como sabéis, el próximo jueves tenemos una nueva sesión clave de nuestro proyecto. La dedicaremos a "contar" colonias. Pero... ¿nuestro proyecto es sólo contar?

Echadle un vistazo general a este trabajo (revisión sobre las velocidades de mutación de distintos genomas [1]).

No pretendo que lo entendáis, pero sí que comencéis a intuir hacia dónde vamos... Nuestros cálculos deben de precisar lo que dice este trabajo, pero en nuestra bacteria "favorita": Sinorhizobium meliloti.

Como no podía ser de otro modo, la próxima sesión, el jueves 5 de marzo a las 16:30 volverá a ser clave en nuestro proyecto.

¡¡¡Esta vez debemos estar todos!!!

Aupa 2a team!!!

[1]Drake JW, Charlesworth B, Charlesworth D, Crow JF(1998)  Rates of spontaneous mutation.Genetics.148(4):1667-86.

Dr Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology