jueves, 22 de enero de 2015

Nuevos experimentos confirmatorios

Hoy hemos descubierto que Laura tiene una verdadera estufa profesional en casa. Las placas deben estar a 28-30º ¡Seguro!


¡Vaya fotos! ¡Y vaya crecimiento! A los cinco días ya estaban así. Nos va a venir bien tener esta nueva estufa, como no podía ser de otra forma.

Placa en casa de Laura
 
Placa en casa de Clara. El resto de las placas estaban parecidas

En lo que respecta a nuestro proyecto, ya nos vamos acercando a las preguntas concretas. Y en breve deberemos ya empezar con la escritura del trabajo. Sin prisa, pero sin pausa...
Como sabéis, en este nuevo experimento, aparte de repetir si la aparición de resistentes a sacarosa es menor en 3G que en 1H hemos incluido una nueva bacteria, la 1F, que como os comenté en esta sesión debería al menos da una frecuencia intermedia entre las otras dos.
Toca pensar un poco el porqué de esta suposición...
¿Seremos capaces de confirmar este resultado?
Os recuerdo. Hemos hecho duplos de cada pregunta (1F, 3G y 1H). Uno de los duplos se los llevó Laura a su casa (¡que tendrá que hacernos fotos para todos, ya que tiene la mejor estufa y parece ser que una cámara muy buena!). Los otros, como siempre y como medida de seguridad se han quedado en el laboratorio a 28ºC estándar.
La semana que viene nos toca contar colonias. Pero... ya sabemos que este proyecto no es solo contar colonias ¿o sí?


Francisco Martínez-Abarca
Departamento de Microbiología
Estación Experimental del Zaidín. CSIC
Granada

martes, 13 de enero de 2015

Nuestro primer resultado a la pregunta ¿dónde mutan (más) los genes?

En nuestra tercera sesión hemos empezado a descubrir que no estamos "simplemente" contando colonias, ¿verdad?

Empezamos a observar que los distintos fenotipos mostrados por las distintas bacterias (1H, 3G y la original RMO17) no son idénticos y que parecen tener una explicación. Empezamos a entender cómo se hacen los experimentos en Microbiología y qué tipo de respuestas dan. Por ejemplo: tiempos de generación, división celular, diluciones, conteos varios y test de sensibilidad/resistencia.
Por ahora, ya tenemos un primer resultado que deberemos de corroborar experimentalmente. Debemos pensar en repetir el experimento, añadir nuevos controles y comprobar si se confirma el patrón.

Pero... ¿de qué resultado estamos hablando?

En este esquema tenéis el procedimiento llevado a cabo para las diluciones seriadas.


De esta manera obtuvimos los siguientes datos para cada cultivo, os recuerdo.

Cultivo 3G: donde el gen SacB se encuentra arriba (cerca del origen de replicación).


Cultivo 1 H: donde el gen SacB se encuentra abajo (lejos del origen de replicación).



Estos datos nos llevan "de momento" a inferir la siguiente frecuencia de mutación para cada aislado:

Fmut3G: 96.3/(18.6 107) = 5,177 10-7
Fmut1H: 69.3/(7.85 106) = 8,88 10-6

Sin embargo hay varias razones que me inducen a pensar que debemos de confirmarlo:
  1. Necesitamos inferir márgenes de error. Todo experimento se recomienda repetirlo al menos 3 veces…
  2. Debemos de confirmar que los fenotipos son reales (cosa que ya estamos haciendo o no?)
  3. Hay además un resultado “extraño”. ¿Quien lo comenta?? ¡¡¡ES IMPORTANTE!!!
¡¡¡Aupa 2A Team!!!   ¡¡¡Ya estamos en la senda correcta!!!!
 
Francisco Martínez-Abarca
Departamento de Microbiología.
Estación Experimental del Zaidín. CSIC.
Granada

lunes, 5 de enero de 2015

Una noticia interesante

Hola a todos y feliz año.
El mundo de la investigación está unido y debe estar alerta ante nuevas noticias. Os propongo que leáis esta noticia publicada por El País y estudieis los paralelismos de lo que comenta con lo que estamos estudiando nosotros.
http://elpais.com/elpais/2014/12/31/ciencia/1420046780_149337.html
¿Realmente los hay? ¿En base a qué?
Cada vez que una célula se divide para generar otra, su ADN se copia y en este proceso suceden erratas que, acumuladas, explican gran parte de los tumores. ¿Podríamos extrapolar parte de nuestros resultados sobre estos estudios? Pensémoslo; siempre es importante comprender la posible relevancia de nuestros resultados.

Francisco Martínez-Abarca
Departamento de Microbiología
Estación Experimental del Zaidín
Granada