Ya tenemos título: "Variations in the spontaneous mutation rate in a soil bacteria. Effect of gene location"

Hola a todos:

El final de trabajo se adivina; ¡lo tenemos al alcance de la mano!

Tras unos cuantos botones de calculadora, hemos podido determinar nuestras frecuencias de mutación para el gen SacB en los distintos aislados (distintas localizaciones):

3G: localizado a 11.764 nt del Origen de Replicación (ORI).

1F: localizado a  696.599 nt del ORI.

1H: cerca de regiones Ter, a 1.858.431 nt del ORI.

Como habéis visto esta mañana, de los datos podemos calcular la "mutation rate" (μ) para Sinorhizobium meliloti.   

Ref: Drake, 1991.

Donde "f" ese la frecuencia de mutación encontrada y "N" es el número total de bacterias que dieron esa frecuencia. μ se calcula de forma iterativa (5 veces) dándole inicialmente el valor de f/5.

Tarea: calculad el valor de μ para cada aislado (localización). ¡El valor que nos de servirá para definir los márgenes de nuestro dato final el próximo viernes!

Nueva cita: Viernes a las 16:30.

Os dejo en recursos el trabajo de Drake (1991), por si os animáis a echarle un vistazo.

Aupa 2a Team!!!

¡¡¡Nos queda la guinda de un proyecto increíble!!!

Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Departamento de Microbiología.

A trabajar anticipadamente

Hola a todos:

Una nueva sesión nos espera. Me gustaría que le echaseis un vistazo a la publicación PIIISA del año pasado (está en recursos o pulsad aquí).

El próximo lunes debemos ser capaces de orientar, estructurar, nuestro trabajo de forma parecida... (Fijaros en los comentarios del my own ideas de vuestros compañeros del años pasado; ¡ellos fueron capaces!).

Como primer ejercicio para la escritura me gustaría que calculásemos en base a la tabla anterior la frecuencia de mutantes (F) en cada experimento (de manera individual); os recuerdo tenemos:

- 2 experimentos (datos) para 3G.

- 3 experimentos (datos) para 1F.

- 3 experimentos (datos) para 1H.

Si os animais, poned los resultados en comentaros en el propio  blog.

En esos números se centran nuestras conclusiones que apuntarán el posible título y resumen de nuestro trabajo. ¡EN INGLÉS!.

Como veis, el final se empieza a entrever...

GOOD JOB!!!

Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Departamento de Microbiología

Una tabla que resume nuestro trabajo

Hola a todos:

Tabla 1

Esta tabla resume todo lo que llevamos hecho hasta ahora (o sea, casi tres meses de DURO trabajo). A continuación mostramos ejemplos de algunas de las placas:

Placa de la dilución -5: resistentes a Km

Placa de la dilución -1: resistentes a Km/Sac (mutantes).

Y parece que fue ayer cuando comenzamos; y cómo podéis intuir, la labor experimental llega a su fin.

Sesión de trabajo del pasado jueves 5 de marzo.

Ahora viene la parte más complicada que es extraer el resultado de todos estos números y definir con la suficiente precisión nuestra famosa pregunta: "Dónde mutan (más) los genes de Sinorhizobium meliloti" o lo que es lo mismo: ¿Podremos definir The mutation rate for S. meliloti bacteria?

Aupa 2a team !!! (El final ya está más cerca...).

Dr Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín - CSIC
Department of Microbiology

Va tocando ponerse "serios"

Hola a todos:

Como sabéis, el próximo jueves tenemos una nueva sesión clave de nuestro proyecto. La dedicaremos a "contar" colonias. Pero... ¿nuestro proyecto es sólo contar?

Echadle un vistazo general a este trabajo (revisión sobre las velocidades de mutación de distintos genomas [1]).

No pretendo que lo entendáis, pero sí que comencéis a intuir hacia dónde vamos... Nuestros cálculos deben de precisar lo que dice este trabajo, pero en nuestra bacteria "favorita": Sinorhizobium meliloti.

Como no podía ser de otro modo, la próxima sesión, el jueves 5 de marzo a las 16:30 volverá a ser clave en nuestro proyecto.

¡¡¡Esta vez debemos estar todos!!!

Aupa 2a team!!!

[1]Drake JW, Charlesworth B, Charlesworth D, Crow JF(1998)  Rates of spontaneous mutation.Genetics.148(4):1667-86.

Dr Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology

Las enseñanzas de errar

Hola a todos:

¡Vaya con la última jornada!

Como pudisteis comprobar, todo estuvo bien planificado: los cultivos, las placas, los extendidos...  Nada menos que 36 placas en tres horas. Pero, como no podía ser de otra forma, surgieron los conocidos como imponderables (leyes de Murphy...).

i. Imponderable nº 1. El primero, los cultivos no llegaron a nuestro ansiado 0,5. Pero tras pensar un poco, lo pudimos resolver.

ii. Imponderable nº2. Después todo tenía que estar bien organizado y bien rotulado, y a pesar de ello, nos equivocamos en la rotulación. Esto implicaba errar sobre las placas de sacaras y las de Km. Equivocación grave que pudimos corregir. Y por último,

iii. Imponderable nº 3. En los plaqueos hubo también algunos errores (volúmenes, diluciones...) que afortunadamente pudimos también detectar y corregir.

Aquí tenemos un resumen de la asignación numérica e identificación de los grupos de placas. Os recuerdo que cada cultivo dio lugar a 4 placas. Las diluciones 0 y -1 para las de Sac y las diluciones -5 y -6 para las de Km.

(i) Placas 1: 3G; Placas 3: 3G; Placas 4: 3G.

(ii) Placas 5: 1F; Placas 6: 1F; Placas 7:1F.

(iii) Placas 9: 1H; Placas 10: 1H; Placas 11: 1H.

No hay nada como equivocarse para comprender lo que estamos haciendo ¿Verdad?

Ya nos estamos dando cuenta de realizar los experimentos casi perfectos... Si esperamos una respuesta de ellos, la respuesta que siempre debemos evitar es la de tener que repetirlo. 

Nos queda una espera ansiosa en la que nos dé el pistoletazo de salida, las placas de casa de Laura. Las bacterias ya están a 28ºC ¡o eso creo!

La próxima sesión es el jueves 5 de marzo. Ese día analizaremos los resultados de estos crecimientos. ¿Podremos aguantar?

¡Esta vez debemos estar todos!

¡¡¡Aupa 2º team!!!

Dr Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Department of Microbiology

Consecuencias del "brain storming"

Hola a todos; respiremos tras la última sesión... Uffff.

Cuando creíamos que quedaba poco para resolver nuestra famosa pregunta ¿Dónde mutan (más) los genes?, vemos que estamos casi como al principio, ¿o no?

Recapitulemos:

Hemos comprendido que la resistencia a sacarosa viene, o debe venir, de una mutación en el gen SacB. Como todo el mundo sabe, el producto de este gen se corresponde con una proteína de 50 kilodalton de Bacilus subtilis que codifica para una actividad: levansucrase (sucrose:2,6-P-D-fructan 6-3-D-fructosyltransferase; EC 2.4.1.10) [1]. Echad un vistazo a esta referencia, en concreto a lo señalado en amarillo. Y hemos observado, con nuestros propios ojos dos tipos de colonias en las placas de sacarosa (grandes y/o chicas). En ambas, el gen sacB debe estar mutado pues son resistentes a sacarosa. El problema es que las frecuencias de mutación cambian dependiendo de qué colonias consideremos.. ¿?.

Por lo tanto, hemos comprendido que para cuantificar bien la frecuencia de mutantes debemos de partir de cultivos (3G, 1F y 1H) en el mismo estado "mutagenizado", o sea que en el momento de la inoculación al cultivo líquido el 100% de las colonias sean SacS. Que es lo que hemos hecho al final de esta mañana.

El próximo jueves 26 de febrero a las 16:00 nos toca la tarea experimental de demostrar que lo hemos hecho adecuadamente.

Nuestro resultado debería ser definitivo, o lo que es lo mismo, debe de ser lo suficientemente claro para llegar a una conclusión: ¿dónde mutan más los genes? Arriba, abajo, en medio o en todas partes por igual....

[1] Gay p, Le Coq D, Steinmetz M, Berkelman T, Kado CI. (1985). Positive selection procedure for entrapment of insertion sequence elements in gram-negative bacteria. J Bacteriol. 164:918-921.

Aupa 2a team !!! Cualquier duda soy todo oídos (debe de haberlas !!!).

Dr. Francisco Martínez-Abarca

Estación Experimental del Zaidín - CSIC

Departament of Microbiology

El “curioso” fenotipo Sacarosa-R

Hola a todos:

En breve, el próximo lunes 23, tendremos una nueva sesión de nuestro proyecto. Os recomiendo que le echemos un vistazo amplio y "profundo" a lo realizado hasta ahora (mirad tanto el blog como en vuestras anotaciones).

Como sabéis (sabemos), el proyecto pretende determinar la frecuencia en la aparición de mutantes resistentes a la sacarosa de distintos aislados de la bacteria Sinorhizobium meliloti. Pero... ¿qué debemos de considerar como resistente a la sacarosa?

En la foto de una de las placas crecidas en Laura's Incubator podéis observar a o que me refiero. Se corresponde con una de las placas donde solo debían aflorar las colonias SacR.

Sin embargo, se pueden observar a grandes rasgos dos tipos: unas colonias de entre 0,5-1 mm de diámetro (grandes) y otras menores de 0,2 mm. ¿Cuáles son resistentes reales a sacarosa, o sea, SacR phenotype? ¿Solo las grandes o ambas?

Como véis, el criterio a elegir es clave a la hora de establecer una frecuencia y por tanto es clave a la hora de estimar el resultado.

Analizaremos la Numerología obtenida hasta ahora y comenzaremos un ensayo de "drop" que nos ayude a discernir las distintas opciones. ¡¡¡Mirad las entradas y correos previos!!!

Se me antoja que nuestra próxima sesión va a ser clave en nuestro proyecto. Os quiero con la mente despierta.

Francisco Martínez-Abarca
Estación Experimental del Zaidín. CSIC.
Departamento de Microbiología
Granada